После перезапуска сеанса или же выхода из ждущего режима комбинация переключения языка сбрасывается на ctrl-shift, то есть на системную.
Похоже это непобедимый баг gnome 3.8. В последующих версиях gnome, проблема не воспроизводилась. Как временное решение можно использовать в автозапуске сеанса скрипт с таким содержанием: #! /bin/bash gsettings set org.gnome.desktop.input-sources xkb-options "['grp:alt_shift_toggle']"
Виноват /etc/profile.d/00dconf-kbd.sh который устанавливается при установке стартеркита с Gnome3. Этот файл ни к одному из пакетов не принадлежит. Необходимо просто удалить этот файл.
По сути это не баг, а фича стартеркита с gnоme3.