Несмотря на --enable-negotiate-auth-helpers="SSPI kerberos warpper" враппер negotiate_kerberos_auth отсутствует, есть только man page на него. Да, negotiate_sspi_auth тоже отсутствует. Предполагаю недостаток сборочных зависимостей..
squid-3.2.9-alt4 -> sisyphus: * Wed Apr 17 2013 Led <led@altlinux> 3.2.9-alt4 - updated BuildRequires - negotiate_kerberos_auth: fix config.test (ALT#28859)