Поскольку synaptic сейчас основное графическое средство управления пакетами, надо чтоб он отображался и в меню kde, чем сейчас перпятствует NotShowIn=KDE
На самом деле, /etc/X11/sysconfig/synaptic.desktop в пакет synaptic затесался неправильно. Его там быть не должно (это тот файл, который имеется в синаптике по дефолту и использует он запуск через gksu). Правильный файл находится в synaptic-usermode, там запуск производится через console-helper. Проверьте плз, отображается ли synaptic в меню kde при установленном synaptic-usermode.
А ведь и верно -- при установленном -usermode всё работает